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Grado en Biología

Guía docente de la asignatura

MICROBIOLOGÍA CLÍNICA Y EPIDEMIOLOGÍA

Curso 2020-2021


Datos básicos de la asignatura
TipoOptativaCursoCuartoSemestreSéptimo
Departamento/s responsable/sGenética, Fisiología y Microbiología; Biodiversidad, Ecología y Evolución
Créditos ECTSCréditos Totales: 6         Teóricos: 2,1         Prácticos: 2,4          Seminarios: 1,2          Tutorías y evaluación: 0,3          
Profesor/es responsable/sNombre y Apellidos: Laura Benítez Rico
Departamento: Genética, Fisiología y Microbiología
Teléfono: 913944963;        Correo electrónico: lbenitez@ucm.es
ProfesoresConsultar la agenda docente
Datos específicos de la asignatura
DescriptorRelaciones simbióticas y patogenicidad. Microbiota normal. Factores de virulencia y mecanismos de patogenicidad. Seguridad biológica. Métodos de diagnóstico microbiológico. Diagnóstico serológico. Análisis epidemiológico. Datos poblacionales. Factores demográficos y ambientales.
Requisitos
RecomendacionesHaber superado la asignatura de Microbiología
Competencias
Competencias transversales y genéricas

-Lectura y comprensión de textos y revisiones científicas sobre la materia (CT4, G12)

-Evaluar, interpretar y sintetizar datos e información biológica (CG8)

-Capacidad para sintetizar y obtener los conocimientos fundamentales relacionados con la materia (CT2, CT4, CT9, CG4, CG5, CG6)

-Gestionar información científica de calidad, bibliografía, bases de datos especializadas y recursos accesibles a través de Internet (CT4)

-Expresar rigurosamente los conocimientos adquiridos de modo que sean bien comprendidos en el ámbito docente y/o especializado (CT8, CG4,)

-Desarrollar buenas prácticas científicas de observación, medida y experimentación (CG13)

-Manipular con seguridad materiales químicos y microorganismos y valorar los riesgos de su uso, respetando los procedimientos de seguridad e impacto sobre el medio ambiente. Manejar instrumentación básica para análisis microbiológico (CG9, CG10)

-Utilizar las herramientas y los programas informáticos que facilitan el tratamiento de los resultados experimentales (CT6)

-Interpretar datos procedentes de observaciones y medidas en términos de su significación y de los modelos explicativos que las apoyan (CG12)

-Elaborar y redactar informes de carácter científico (CT1)

-Capacidad de trabajo y aprendizaje autónomos. (CT12, CT14)

-Adquirir capacidad de organización, planificación y ejecución (CT11)

-Desarrollar habilidades interdisciplinares en el trabajo en equipo. (CT14, CT15)

-Perseguir objetivos de calidad en el desarrollo de su actividad profesional (CT13)

Competencias específicas

-Identificar y evaluar los microorganismos patógenos y sus productos tóxicos. Conocer las posibles vías de control de infecciones (CE6)

-Desarrollar estudios y análisis microbiológicos de muestras biológicas humanas (CE7)

-Explicar y desarrollar propuestas en educación sanitaria (CE11)

-Desarrollar estudios demográficos y epidemiológicos (CE8)

Objetivos
Objetivos

-Describir los principales mecanismos de patogenicidad de los microorganismos patógenos y las enfermedades que causan en el hombre

-Dar a conocer las estrategias y técnicas empleadas en el diagnóstico de enfermedades infecciosas

-Analizar los procesos de derivación de los modelos determinísticos en Epidemiología.

-Ejecutar e interpretar análisis epidemiológicos

Metodología
Descripción

-Clases teóricas, prácticas, seminarios y tutorías para el desarrollo continuado del programa.

-Los materiales docentes se proporcionaran por los profesores a través del Campus Virtual y sus herramientas. Otros materiales docentes más específicos podrán ser proporcionados por los profesores durante las clases.

-Se aportarán cuestionarios y material didáctico para la realización de trabajos, resolución de casos clínicos y exposiciones orales.

-Las prácticas de laboratorio permitirán la adquisición de una serie de destrezas en técnicas de diagnóstico microbiológico y en interpretación de resultados. Se plantearán y discutirán casos clínicos y análisis de datos poblacionales.

-Seminarios: Se propondrán varios temas de trabajo. El profesor hará una introducción y supervisará el planteamiento y desarrollo de la tarea a realizar por los alumnos (en grupos), la cual, si procede, será presentada por escrito y expuesta públicamente.

- La evaluación, continua y secuencial permitirá conocer las destrezas, habilidades y conocimientos adquiridos en cada uno de los modos organizativos de la asignatura.

Distribución de actividades docentes
ActividadHoras% respecto presencialidad
Clases teóricas
2135,4
Clases prácticas
2440
Exposiciones y/o seminarios
Horas)
1219,6
Tutoria
23,3
Evaluación
11,66
Trabajo presencial
6040
Trabajo autónomo
9060
Total
150100
Bloques temáticos

BLOQUE I: INTERACCIONES MICROORGANISMO-HOSPEDADOR

BLOQUE II: ANÁLISIS MICROBIOLÓGICO DE MUESTRAS CLÍNICAS

BLOQUE III: DIAGNÓSTICO MICROBIOLÓGICO POR APARATOS Y SISTEMAS

BLOQUE IV: EPIDEMIOLOGÍA

Evaluación
Criterios aplicables

Teoría (45 %): Para el Bloque i-III, se realizará un examen parcial y un examen final y será eliminatorio (calificación > 5,0). En el bloque IV se realizará un único examen, en fecha coincidente con el examen final de la asignatura.

El Bloque I-III supondrá un 75% de la nota de Teoría y el Bloque IV supondrá el 25% restante.

Prácticas (30 %): En el Bloque I-III se realizará un examen teórico-práctico y una memoria de laboratorio. Se valorará la corrección en el desarrollo de las prácticas y la resolución de las cuestiones planteadas. En el Bloque IV se evaluará una memoria de prácticas.

El bloque I-III supondrá un 75% de la nota de Pácticas y el Bloque IV supondrá el 25% restante.

Seminarios (20 %): Se valorará la resolución de casos y/o trabajos y/o exposiciones orales, así como la participación.

El Bloque I-III supondrá un 42% de la nota, el Bloque IV-A supondrá un 33% y el Bloque IV-B corresponderá al 25% restante de la nota de Seminarios

Asistencia y participación (0,5%): La asistencia a las clases teóricas, prácticas y seminarios es obligatoria. Se valorará la asistencia y la participación en las distintas actividades de la asignatura mediante hojas de firmas, listados o ejercicios y preguntas de clase.

Para aprobar la asignatura será necesario obtener al menos 5 puntos en cada uno de los bloques (Bloque I-III, Bloque IV-A, Bloque IV-B) de teoría, prácticas y seminarios. Los alumnos que no alcancen esta calificación en la convocatoria de Febrero deberán realizar el examen de los bloques suspensos en la convocatoria extraordinaria.

Organización semestral
Organización semestralConsultar la agenda docente
Temario
Programa teórico

BLOQUE I: INTERACCIONES MICROORGANISMO-HOSPEDADOR

Tema 1. Relaciones microorganismo-hospedador. Mecanismos de defensa frente a la infección. Patogenicidad microbiana. Microbiota normal de aparatos y sistemas. Patógenos oportunistas. Reservorio, fuente, portador, hospedador susceptible.

Tema 2. Enfermedades infecciosas. Tipos y evolución de las enfermedades infecciosas. Mecanismos de transmisión. Características: contagiosidad, infectividad, patogenicidad y virulencia. Métodos de control: profilaxis y antimicrobianos. Vacunas y programas de vacunación. Enfermedades infecciosas de Declaración Obligatoria.

BLOQUE II: ANÁLISIS MICROBIOLÓGICO DE MUESTRAS CLÍNICAS

Tema 3. Laboratorio de Microbiología clínica. Objetivos del laboratorio de Microbiología clínica. Obtención, y procesamiento de las muestras. Solicitud, técnicas de obtención, cantidad, transporte y almacenamiento de las muestras. Microorganismos contaminantes de muestras clínicas.

Tema 4. Riesgo biológico. Categorías de riesgo biológico. Normas de Bioseguridad. Garantía de calidad y acreditación de laboratorios. Concepto de garantía de calidad. Parámetros relacionados con el establecimiento de un programa de garantía de calidad.

Tema 5. Técnicas de diagnóstico microbiológico. (i) Técnicas clásicas de diagnóstico: microscopía y cultivo. (ii) Métodos inmunoquímicos: directos e indirectos. (iii) Métodos moleculares: hibridación y amplificación. (iv) Métodos serológicos.

BLOQUE III: DIAGNÓSTICO MICROBIOLÓGICO POR APARATOS Y SISTEMAS

Tema 6. Infecciones del tracto respiratorio inferior. Infecciones bronquiales y pleuropulmonares. Tuberculosis.

Tema 7. Infecciones del sistema nervioso. Meningitis agudas y crónicas. Encefalitis. Neuritis.

Tema 8. Infecciones sistémicas. Fiebre de origen desconocido. Sepsis y endocarditis infecciosa. Otras infecciones intravasculares. Enfermedades tropicales o importadas. Candiasis diseminada, criptococosis, aspergilosis, histoplasmosis.

Tema 9. Infecciones genitales y de transmisión sexual. Gonorrea. Sífilis. Uretritis. Herpes genital. Infección por papilomavirus. Infecciones por clamidias. Vaginitis y vaginosis.

Tema 10. Síndrome de inmunodeficiencia adquirida. Clínica del SIDA. Infecciones oportunistas.

Tema 11. Infecciones de piel, tejidos blandos y osteo-articulares. Infecciones exantemáticas. Infecciones subcutáneas (gangrena, celulitis, fascitis). Micosis superficiales. Osteomielitis. Artritis

Tema 12. Hepatitis infecciosas. Etiología, diagnóstico y epidemiología de la hepatitis A, B, C, D y E.

BLOQUE IV. EPIDEMIOLOGÍA

Tema 13. Ámbito y propósito de la Epidemiología. Bases conceptuales: Incidencia, prevalencia, morbilidad y mortalidad. Tasas brutas y estandarizadas. Epidemia, pandemia, endemia. Estudios basados en casos y controles. Determinantes biológicos y socio-ambientales del estado de salud.

Tema 14. Epidemiología Clínica y diagnóstico precoz. Pruebas de cribado y diagnóstico. Validez de las pruebas diagnósticas. Criterios de confusión y variables modificadoras. Curvas ROC. Sensibilidad y especificidad.

Tema 15. Enfermedades infecciosas y predisposición genética. Mutaciones pioneras y respuestas a la infección. Consanguinidad y susceptibilidad a las enfermedades infecciosas: datos sobre tuberculosis, lepra y hepatitis B en poblaciones humanas actuales.

Tema 16. La Transición Epidemiológica. Curvas de supervivencia y tablas de vida en sociedades desarrolladas y en vías de desarrollo. Efecto de la pérdida de aislamiento geográfico sobre la morbi-mortalidad poblacional. Migraciones intra e inter continentales y globalización.

Tema 17. Enfermedades humanas en el siglo XXI. Brotes epidémicos y enfermedades infecciosas emergentes. Estrategias nacionales de políticas sanitarias para su prevención. Los Consorcios internacionales para la prevención y control de enfermedades transmisibles.

Programa práctico

BLOQUE 1-III: DIAGNÓSTICO MICROBIOLÓGICO

Práctica 1. Infecciones del tracto respiratorio

Práctica 2. Infecciones del tracto urinario

Práctica 3. Gastroenteritis y síndromes diarreicos de etiología infecciosa

Práctica 4. Antibiograma

BLOQUE IV: EPIDEMIOLOGÍA 

Práctica 5. Análisis epidemiológico. Análisis de supervivencia (pueba de log-rank). Modelos predicitivos y de asociación de variables (regresión logística y de Cox). Sensiblidad y especificidad de los indicadores diagnósticos (aplicación de curvas ROC)  

Práctica 6. Patrones geográficos de la mortalidad en relación con indicadores socio-sanitarios. Aplicación de métodos de análisis geográfico a tasas de mortalidad debidas a enfermedades transmisibles (programa gvSIG de información geográfica). Interpretación en función de datos sobre variables socio-sanitarias disponibles para cada unidad de población analizada.

Seminarios

BLOQUE I-III: DIAGNÓSTICO MICROBIOLÓGICO 

Seminario 1 al 5: Discusión de casos clínicos y/o realización de actividades complementarias.

BLOQUE IV -A: EPIDEMIOLOGÍA. MODELOS MATEMÁTICOS DE EVOLUCIÓN DE EPIDEMIAS

Seminarios 6 al 9: Introducción a los modelos epidemiológicos SIR y SIS, modelización de ecuaciones y estimación de parámetros, estudio cualitativo de soluciones (teorema del umbral epidemiológico), pruebas de adecuación experimental a los modelos.

BLOQUE IV -B: EPIDEMIOLOGÍA DE ENFERMEDADES INFECCIOSAS. GLOBALIZACIÓN Y ENFERMEDADES INFECCIOSAS RE-EMERGENTES

Seminarios 10 al 12: Revisión crítica de un artículo de carácter epidemiológico.

Bibliografía

TEXTOS DISPONIBLES EN LA BIBIOTECA DE LA UCM

Brauer, F., Castillo-Chávez, C. Mathematical models in Population Biology and Epidemiology. Springer. 2001.

Dworkin, M.S. (Editor). Outbreak investigations around the world: Case studies in infectious disease field Epidemiology. Jones and Bartlett Publishers. 2010.

Engleberg, C., Dirita; V., Dermody, TS. Mecanismos de las enfermedades microbianas. Lippincott, Williams & Wilkins. 5ª ed. 2013.

Forbes, B.A., Sahm, D.F., Weissfeld, A.S. Bailey & Scott diagnóstico microbiológico. Panamericana. 2009.

Gregg, M. (Editor). Field Epidemiology. Oxford University Press. 2008.

Koneman, E.W. Diagnóstico microbiológico: texto y atlas en color.Panamericana, 2008.

Krieger, N. Epidemiology and the people’s health. Theory and context. Oxford University Press. 2011.

Levinson, W. Microbiología e Inmunología médicas. Mc Graw Hill-Interamericana, 2006.

Milton, J.S. Estadística para Biología y Ciencias de la Salud. McGraw-Hill Interamericana. 2007.

Murray, P.R., Rosenthal, K.S., Pfaller, M.A. Microbiología médica. Elsevier. 2009.

Prats, G. Microbiología clínica. Panamericana. 2007.

Prats, G. Microbiología y parasitología médicas. Panamericana. 2012.

Rotger, R. Microbiología sanitaria y clínica. Síntesis. 1997.

Ryan, K.J., Ray, C.G. Sherris Microbiología médica: una introducción a las enfermedades infecciosas. McGraw Hill Interamericana, 2010.

Shors, T. Virus: estudio molecular con orientación clínica. Editorial Panamericana. 2009

Spicer, W.J. Microbiología clínica y enfermedades infecciosas: texto y atlas en color. Elsevier. 2009.

Swapan, N., Revankar, S.G. Microbiología basada en la resolución de problemas. Elsevier. 2007

OTROS TEXTOS

Burgeño, M.J., García Bastos, J.L., González-Buitrago, J.M. Las curvas ROC en la evaluación de las pruebas diagnósticas. Medicina Clínica (Barcelona), 104: 661-670. 1995.

SEIMC. Documentos científicos actualizados por órgano/sistema o por microorganismo y Protocolos microbiológicos (https://www.seimc.org/)



Adenda por EMERGENCIA SANITARIA COVID19 a la Guía Docente de la asignatura MICROBIOLOGÍA CLÍNICA Y EPIDEMIOLOGÍA (Curso Académico 2020-2021)
Nota aclaratoria: Esta adenda a la Guía docente recoge las adaptaciones necesarias para poder atender la docencia en caso de que las condiciones sanitarias no permitan un escenario totalmente presencial. Como consecuencia de la situación sanitaria provocada por la COVID-19, el marco de docencia para el curso 2020-21 aprobado por el Consejo de Gobierno de la UCM y refrendado por la Facultad de Ciencias Biológicas, establece como planteamiento general un modelo mixto (semipresencial). Se trata de un marco transitorio mientras estén vigentes las condiciones sanitarias excepcionales, que incorpora escenarios de docencia que combina actividades presenciales y a distancia, que incluyen tanto entornos físicos como virtuales que permitan la interacción entre docentes y estudiantes a través de actividades tanto síncronas como asíncronas. No se descarta, no obstante, que ante un agravamiento de las condiciones sanitarias (confinamiento general o de grupos de estudiantes concretos) fuese necesario pasar a un escenario con toda la docencia a distancia.

METODOLOGÍA

Metodologías docentes y herramientas de docencia

Docencia semipresencial:

Clases teóricas: Se impartirán mediante videoconferencia a través del Campus Virtual (Blackboard Collaborate) o plataformas alternativas (Google Meet, Zoom…), de forma tanto síncrona como asíncrona. En el caso de las primeras se respetarán los horarios planificados previamente. Además, el estudiante dispondrá de recursos de apoyo (audiovisuales, artículos de lectura, presentaciones de las clases…) a través del Campus Virtual de la asignatura. También se podrán grabar las clases para ponerlas a disposición de los estudiantes. 

Seminarios: Se realizarán de forma síncrona a través de la plataforma Blackboard Collaborate del Campus Virtual (o plataformas alternativas: Google Meet, Zoom…). Se planteará la resolución de ejercicios prácticos, presentación de trabajos… 

Prácticas: Sólo aquellas actividades que requieran equipamiento, materiales y/o contenidos que no puedan ser sustituidos por actividades en remoto, se llevarán a cabo de forma presencial. El resto de prácticas se realizarán en remoto a través del Campus Virtual de la asignatura mediante recursos interactivos, contenidos multimedia, material audiovisual, aplicaciones… 

Docencia a distancia:

En caso de que la situación sanitaria lo requiera, las prácticas presenciales serán sustituidas por actividades en remoto a través del Campus Virtual (plataforma Blackboard Collaborate) o plataformas similares (Google Meet, Zoom…). Dichas actividades presenciales se adaptarán mediante las mismas plataformas a un trabajo en remoto del alumno realizado bajo la supervisión directa del profesor.

Tutorías: Tendrán lugar preferentemente de forma no presencial. En ambos escenarios la comunicación con los estudiantes tendrá lugar por varias vías: (1) a través del correo electrónico y (2) mediante sesiones síncronas a través de la plataforma existente en el Campus Virtual, previamente acordadas con los estudiantes interesados. El horario de las tutorías será el mismo que el establecido en el escenario presencial.

 

EVALUACIÓN

Criterios aplicables y métodos de evaluación:

Docencia semipresencial:

La evaluación se desarrollará de forma preferentemente presencial, siempre y cuando la situación sanitaria lo permita. No obstante lo anterior, se establecerán actividades de evaluación continua (el desarrollo de casos prácticos, supuestos, cuestionarios…) que complementarán la nota y faciliten la evaluación en caso de no poder realizarse la misma de modo presencial. 

Los criterios de evaluación serán los siguientes: calificación de los exámenes parciales y/o final (45 %), valoración de las prácticas mediante examen y memorias de laboratorio (30 %), realización de ejercicios o seminarios (20%), asistencia y participación (0,5%). Para aprobar la asignatura será necesario obtener al menos 5 puntos en cada uno de los bloques que se indican en la guía docente (Bloque I-III, Bloque IV-A, Bloque IV-B) de teoría, prácticas y seminarios. Los alumnos que no alcancen esta calificación en la convocatoria ordinaria deberán realizar el examen de los bloques suspensos en la convocatoria extraordinaria.

Docencia a distancia:

Los criterios de evaluación en un escenario totalmente virtual serán los mismos aunque las memorias de las actividades prácticas, en su caso, serán sustituidas por actividades que proponga el profesor en relación con las nuevas prácticas realizada on line.

Para la realización de las pruebas se utilizarán las herramientas disponibles en el Campus Virtual.

La identificación de los estudiantes durante la realización de las pruebas incluye la autenticación mediante el correo electrónico institucional (cuenta de usuario y contraseña) para acceder al Campus Virtual. También se podrá recurrir a la identificación mediante el uso de imágenes (videollamadas de Blackboard Collaborate, Google Meet o similar) o incluso el requerimiento de documento identificativo.

La revisión de exámenes se realizará preferentemente de modo no presencial mediante sesiones sincrónicas previamente acordadas con el interesado (Blackboard Collaborate, Google Meet o similar).