Daniel A. Truchado, Alejandro Llanos-Garrido, David A. Oropesa-Olmedo, Belén Cerrada, Pablo Cea, Michaël A. J. Moens, Esperanza Gomez-Lucia, Ana Doménech, Borja Milá, Javier Pérez-Tris, Daniel Cadar and Laura Benítez

Comparative Metagenomics of Palearctic and Neotropical Avian Cloacal Viromes Reveal Geographic Bias in Virus Discovery

Microorganisms 2020, 8, 1869;

DOI: 10.3390/microorganisms8121869

RESUMEN

El conocimiento sobre los virus que transportan los animales silvestres es aún escaso. La diversidad viral de la fauna silvestre podría describirse mejor con aproximaciones dirigidas específicamentes a tal fin, haciendo que aumente el esfuerzo de muestreo en zonas remotas y hospedadores no estudiados tradicionalmente. Las aves han sido organismos clave en la transmisión de virus causantes de importantes enfermedades, y las aves silvestres se encuentran amenazadas por transmisiones virales asociadas a la actividad humana. Sin embargo, el conocimiento sobre los virus aviares se encuentra actualmente sesgado hacia las aves de corral o enfermedades altamente patogénicas. En nuestro estudio, comparamos el viroma fecal de dos ensamblajes de aves silvestres dominados por paseriformes muestreados en un bosque tropical remoto de la Guayana Francesa (Reserva Natural de Nouragues) y en un bosque mediterráneo en el centro de España (La Herrería). Utilizamos datos de análisis metagenómicos para cuantificar el grado de novedad genética y funcional de los virus encontrados examinando si la similitud de los contigs obtenidos con las secuencias de referencia en bases de datos difería entre ambas localidades de muestreo. En general, los contigs de Nouragues fueron significantemente menos similares a los virus de las bases de datos en sus secuencias nucleotídicas pero no en las secuencias aminoacídicas codificadas por ellas, lo que sugiere que las regiones prístinas albergan una diverisdad de virus todavía desconocida, con virus genéticamente más singulares que los de zonas más estudiadas. Además, describimos nuevos virus aviares de las familias Picornaviridae, Reoviridae y Hepeviridae. Estos resultados ponen de manifiesto la importancia de la fauna silvestre y las zonas remotas como fuentes de nuevos virus que aumentan sustancialmente el conocimiento disponible actualmente sobre la diversidad viral global.